Sejalan dengan perkembangan PTAIN, pada 1 Januari 1957 Akademi Dinas Ilmu Agama, [State College of Islamic Science] (Adia) didirikan di Jakarta berdasarkan Menteri Agama Nomor 1 Tahun 1957. Akademi ini dimaksudkan untuk meningkatkan kualitas guru Islam untuk sekolah menengah.
Pada dekade pertama baik PTAIN dan Adia tumbuh dan berkembang secara dramatis. Dalam rangka meningkatkan kontrol kualitas institusi secara integral, PTAIN dan Adia digabung menjadi lembaga baru bernama Institut Agama Islam Negeri [State Institute for Islamic Studies] pada 24 Agustus 1960 berdasarkan tingkat pemerintah No 11/1960. Lembaga ini terletak di Yogyakarta memiliki empat fakultas, yaitu Tarbiyah dan Adab di Jakarta dan Syari'ah dan Ushuluddin di Yogyakarta. Berdasarkan derajat No 26/1965 pemerintah, IAIN Yogyakarta diberi nama IAIN Sunan Kalijaga, nama berasal dari pengkhotbah Islam yang beredar di Indonesia yang memiliki kewenangan untuk melaksanakan semua empat fakultas di Yogyakarta.
Saat ini Tarbiyah sebagai salah satu fakultas terkemuka di UIN Sunan Kalijaga memiliki sepuluh program S1, lima Program S2 dan satu Program S3. (1) Program S1 meliputi (a) Pendidikan Agama Islam (Islam Pengajaran), (b) Pendidikan Bahasa Arab (Bahasa Arab Pengajaran), (c) Kependidikan Islam (Pendidikan Islam), (d) Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah(Pendidikan Guru MI), (e) Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD), (f) Program Pendidikan Profesi Guru (PPG), (g) Pendidikan Matematika, (h) Pendidikan Fisika, (i) Pendidikan Kimia, (j) Pendidikan Biologi. (2) Program S2 meliputi (a) Pendidikan Agama Islam (Islam Pengajaran), (b) Pendidikan Bahasa Arab (Bahasa Arab Pengajaran), (c) Kependidikan Islam (Pendidikan Islam), (d) Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (Pendidikan Guru MI), (e) Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD). (3) Program S3 meliputi : Program Pendidikan Agama Islam (PAI).